Auf diese Phase geht die erste dokumentierte Nachricht über den Markuslöwen zurück, der sich bereits auf der Säule vor der Mole befand, die den Beschluss des Großen Rates aus dem Jahr 1293 betraf, mit dem die Venezianer beschlossen, den Löwen zu reparieren (aptari). Die Flügel und der Schwanz wurden erneuert, ebenso das rechte Vorderbein, die Schulter und ein Teil der Brust.
Wir können die bildnerische Darstellung des Löwen auf zahlreichen Gemälden feststellen, die ihn ab dem 16. Jahrhundert abbilden, wie auf dem Gemälde „La flotta Veneziana che si appresta a salpare dal Molo di San Marco contro il Barbarossa“ (Die venezianische Flotte, die sich auf das Auslaufen von der Mole des Markusplatzes vorbereitet) von Francesco Bassano dem Jüngeren und „Bacino di San Marco e la chiesa di San Giorgio visti dalla Piazzetta“ (Becken des Markusplatzes und die Kirche San Giorgio, von der Piazzetta aus gesehen) von Canaletto.
Die Flügel erscheinen in diesem Gemälden vibrierender und realistischer als die gegenwärtigen, wobei die Federn voneinander getrennt sind.
Die bedeutendsten, heute noch erkennbaren Teile, die dieser Phase zugeschrieben werden, sind die rechte Vorderpfote, ein Teil der Brust und der Schulter der rechten Vorderseite und das Büschel des Schwanzes.